Nguyên nhân trực tiếp vẫn còn là ẩn số
Tuy nhiên dựa trên các lý thuyết khoa học, các nhà nghiên cứu đã đưa ra một số giả thuyết sau:
Trục trặc trong quá trình “tắt máy” của não
Tiến sĩ Sharpless coi bộ não là một chiếc máy tính. Tương tự như khi tắt máy tính, trong quá trình chìm vào giấc ngủ, não bộ sẽ lần lượt tắt từng phần một, bao gồm thần kinh thính giác và thị giác. Tuy nhiên với EHS, thay vì bị tắt đi, thần kinh thính giác và thị giác lại kích hoạt cùng lúc, gây ra ảo giác về âm thanh và hình ảnh trong đầu.
Chứng tê liệt khi ngủ (sleep paralysis)
EHS có liên quan đến chứng tê liệt khi ngủ - tình trạng một người thức dậy không thể cử động hoặc nói chuyện trong vài phút tại một thời điểm. Chứng tê liệt khi ngủ có thể đi kèm với ảo giác đáng sợ như tiếng nổ, ánh sáng loé, ảo giác kẻ xâm nhập (intruder hallucinations), ảo giác áp lực lồng ngực (chest pressure hallucinations),...

Theo ngôn ngữ thông thường, chứng tê liệt khi ngủ còn được gọi là hiện tượng “bóng đè”. Bạn cảm giác như có ai đó đã trói tay chân mình lại, hoặc bị một vật nặng đè lên, khiến toàn bộ cơ thể rơi vào trạng thái bất động dù đã tỉnh hẳn. Bạn muốn kêu cứu nhưng dường như không ai nghe thấy, dù có người đang nằm kế bên. Nó chân thực đến nỗi bạn tưởng mình đã thực sự trải qua, nhưng thật ra đây là ảo giác được tạo ra bởi não bộ.
Căng thẳng
Những người bị sợ hãi, lo lắng và căng thẳng ở mức độ cao có nhiều khả năng bị các đợt EHS thường xuyên hơn. Nhất là khi phải làm việc quá sức, hoạt động ở cường độ cao khiến não “báo động đỏ” và cơ thể có dấu hiệu suy nhược.
Kiểu ảo giác do căng thẳng là tình trạng thường gặp trong đời sống hằng ngày. Chẳng hạn, bạn sẽ cảm giác như mặt đất đang chuyển động do ngồi làm việc quá lâu. Bởi vì sau một ngày dài “chạy deadline” rã rời, bộ não giải phóng áp lực lên các dây thần kinh trung ương. Kết quả là tế bào thần kinh hoạt động cùng lúc, tạo ra phản ứng âm thanh và hình ảnh.
Ngoài ra, căng thẳng còn là một trong những nguyên nhân dẫn đến tình trạng co giật thuỳ thái dương, dễ khiến người bệnh nghe thấy âm thanh lớn đột ngột.
Người ta thường không để ý đến các cơ trên khuôn mặt nhưng thực tế chúng lại là những cơ bận rộn nhất. Mỗi khi đầu “căng như dây đàn”, ta có thói quen đưa tay lên hai bên thái dương, xoa nhẹ để giãn các dây thần kinh. Nhưng nếu căng thẳng kéo dài và không được nghỉ ngơi đúng lúc, não bộ sẽ bắt đầu rơi vào ảo giác như hội chứng đầu phát nổ.